Die Struktur des Centre Marc Bloch ist geprägt von seiner binationalen Identität und Funktionsweise, welche 2015 durch die Gründung des gemeinnützigen Vereins „Centre Marc Bloch e.V.“ untermauert wurde. Diese Vereinsstruktur schließt die französischen und deutschen Träger des Centre Marc Bloch in einer in der Forschungslandschaft einzigartigen Einrichtung zusammen.

Mit der Erlangung einer deutschen Rechtspersönlichkeit werden die bereits existierenden Strukturen und Vereinbarungen mit CNRS und MEAE erhalten. Das Centre Marc Bloch bleibt also auch weiterhin Teil des Netzwerks der französischen Forschungsinstitute im Ausland (als Unité mixte des instituts français de recherche à l’étranger, UMIFRE Nr. 14 CNRS-MEAE) sowie eine französische Forschungseinrichtung des CNRS (als Unité d’appui à la recherche, UAR 3130).

Darüber hinaus ist das CMB fest in der Berliner Universitätslandschaft verankert: Seit März 2011 hat es den Status eines An Instituts der Humboldt-Universität zu Berlin.