Der Vorstand ist das ausführende Organ des Vereins und unterliegt der Weisung der Mitgliederversammlung. Der Vorstand besteht aus der Direktorin/dem Direktor und den beiden Stellvertretenden DirektorInnen.Der Vorstand verfügt über ein Mandat von zwei Jahren, welches um zwei Jahre  verlängert werden kann. Der Wissenschaftliche Beirat erstellt in einem Anhörungsverfahren eine Berufungsliste der KandidatInnen für die Direktionsposten, die er der Mitgliederversammlung vorlegt. Die Mitgliederversammlung wählt die KandidatInnen für den Posten der Direktorin/des Direktors sowie der Stellvertretenden DirektorInnen des CMB, die anschließend von MEAE und dem BMFTR gemeinsam bestellt werden. Die Mitglieder des Vorstandes sind Angestellte ihrer jeweiligen Träger. Als neues Element kommt hinzu, dass der Wissenschaftliche Beirat und die Mitgliederversammlung sich um die Ernennung einer im Wechsel „französischen“ und „deutschen“ Direktor/Direktorin bemühen.