La structure du Centre Marc Bloch est marquée par son identité et mode de fonctionnement binational(e) qui ont été consolidés en 2015 par la création de l’association à but non lucratif  Centre Marc Bloch e.V.  Elle réunit les tutelles françaises et allemandes du Centre Marc Bloch au sein d’un établissement unique dans le paysage de la recherche.

L’obtention de la personnalité juridique allemande permet de maintenir les structures et les accords déjà existants avec le CNRS et le MEAE. Le Centre Marc Bloch continuera donc à faire partie du réseau des instituts français de recherche à l’étranger (en tant qu’Unité mixte des instituts français de recherche à l’étranger, UMIFRE n°14 CNRS-MEAE) ainsi qu’un organisme de recherche français du CNRS (en tant qu’Unité d’appui à la recherche, UAR 3130).

En outre, le CMB est solidement ancré dans le paysage universitaire berlinois : depuis mars 2011, il a le statut d’An Institut de l’Université Humboldt de Berlin.