Als eine Einrichtung, die der Forschung und der Ausbildung des wissenschaftlichen Nachwuchses dient, zeichnet sich das Centre Marc Bloch durch seine Interdisziplinarität und seinen deutsch-französischen Charakter aus. Der fächerübergreifende Austausch ist ein wesentlicher Bestandteil aller Projekte, Forschungsachsen und Forschungsgruppen des Centre, in dem die verschiedenen Richtungen der Geistes- und Sozialwissenschaften vertreten sind.

Die deutsch-französische Ausrichtung ist ein zentrales geistiges und wissenschaftspraktisches Element der Arbeit des CMB. Sie bildet die Basis für die Kooperation mit anderen Ländern, insbesondere in Mittel- und Osteuropa, und spiegelt sich auch in der Auswahl der ForscherInnen und DoktorandInnen, in der Arbeitsweise der Forschungsgruppen und in den Projekten des Centre sowie in der Ausrichtung von Tagungen und Vorträgen wieder, die regelmäßig deutsche und französische Partner zusammenbringen.

Der Verein hat zur Aufgabe, die bilateralen Beziehungen zwischen der Bundesrepublik Deutschland und der Französischen Republik im Bereich der Geistes- und Sozialwissenschaften zu stärken und zu vertiefen. Insbesondere engagiert sich der Verein für den Austausch zwischen deutscher und französischer Wissenschaftskultur und -tradition. Dieser Austausch konkretisiert sich in fest und nachhaltig etablierten internationalen Kooperationen, die sich durch ihren Reichtum an Innovation, Kreativität und Synergien auszeichnen. Das Forschungsfeld beschränkt sich nicht auf Frankreich und Deutschland: Das CMB steht im ständigen Wissens- und Erfahrungsaustausch mit europäischen und internationalen Partnern, insbesondere auch in den ostmitteleuropäischen Ländern. Der Verein fördert eine interdisziplinäre Forschungspraxis, die alle geistes- und sozialwissenschaftlichen Fachrichtungen vereint.

Als Schaltstelle ersten Ranges bei der Vernetzung von Universitäten, Forschungseinrichtungen und WissenschaftlerInnen fungiert das Centre Marc Bloch nicht zuletzt auch als wichtiger Mittler zwischen Frankreich und Deutschland.

Kurz nach dem Fall der Berliner Mauer beschlossen die deutsche und die französische Regierung, ein deutsch-französisches Forschungszentrum für Sozialwissenschaften mit europäischer Ausrichtung ins Leben zu rufen. Gegründet am 9. Oktober 1992 und offiziell eröffnet am 8. September 1994, erhielt es den Namen des französischen Historikers Marc Bloch (1886–1944).

Erster Direktor war der Historiker Étienne François (1992–1999), gefolgt von der Philosophin Catherine Colliot-Thélène (2000–2005), der Politologin Pascale Laborier (2005–2010), dem Historiker Patrice Veit (2010–2015), der Historikerin Catherine Gousseff (2015-2018) und dem Historiker Jakob Vogel (2018-2023). Gegenwärtig wird das Centre Marc Bloch vom Politologen Jay Rowell geleitet.

Die Struktur des Centre Marc Bloch ist geprägt von seiner binationalen Identität und Funktionsweise, die 2015 durch die Gründung des gemeinnützigen Vereins „Centre Marc Bloch e.V.“ untermauert wurde. Sie schließt die französischen und deutschen Träger des Centre Marc Bloch in einer in der Forschungslandschaft einzigartigen Institution zusammen. Die Mitglieder des Vereins sind zum einen Regierungsträger – das Außenministerium (MEAE) und das Bildungsministerium (MESR) Frankreichs, das deutsche Bundesministeriumfür Bildung , Technik und Raumfahrt (BMFTR) sowie der Berliner Senat –, zum anderen Forschungseinrichtungen – das Centre national de la recherche scientifique (CNRS), die École des Hautes Études en Sciences Sociales (EHESS) und das Wissenschaftskolleg zu Berlin (WiKo). Hinzu kommt, als wichtiger Akteur in der deutsch-französischen Wissenschaftskooperation, die Deutsch-Französische Hochschule  (DFH).

Mit der Erlangung einer deutschen Rechtspersönlichkeit werden die bereits existierenden Strukturen und Vereinbarungen mit CNRS und MEAE erhalten. Das Centre Marc Bloch bleibt also auch weiterhin Teil des Netzwerks der französischen Forschungsinstitute im Ausland (als Unité mixte des instituts français de recherche à l’étranger, UMIFRE Nr. 14 CNRS-MEAE) sowie eine französische Forschungseinrichtung des CNRS (als Unité d’appui et de recherche, UAR 3130).

Darüber hinaus ist das CMB fest in der Berliner Universitätslandschaft verankert: Seit März 2011 hat es den Status eines An-Instituts der Humboldt-Universität zu Berlin.