Après des Études pluridiciplinaires de la France contemporaine (spécialisation en économie et en études cinématographiques) à la Freie Universität zu Berlin et à l'Université Paris 8| Vincennes Saint-Denis, Dorothee Mertz a travaillé à l'Office franco-allemand pour la jeunesse (OFAJ) à Berlin avant de rejoindre en 2011 le Centre Marc Bloch en tant que coordinatrice de projets scientifiques. En 2013, elle y a pris la relève en tant que coordinatrice du sous-projet Urbane Gewalträume|Espaces et Violences Urbaines sous la direction de Teresa Koloma Beck et Ariane Jossin dans le cadre du réseau de recherche franco-allemand Saisir l'Europe|Europa als Herausforderung. Depuis 2019, Dorothee Mertz a joint l'équipe du projet de recherche transnational DREAM - Drafting and Enacting the Revolutions in the Arab Mediterranean - In Search for Dignity depuis les années 1950 en tant que European Project Manager. Le projet ERC est dirigé par Leyla Dakhli (CMB/CNRS) et financé par le programme-cadre Horizon2020 de la Commission européenne.